يُعد تسهيل عملية الاتصال وتبادل الصور وإنشاء المجموعات وسهولة وسرعة تحميل الفيديوهات، لا تلغي جانبًا آخر من عيوب "واتسآب"، والتي تزعج مستعملي هذا التطبيق بعضها كالتالي:

1- التجسس كل مراسلاتك وجهات اتصالك عرضة للتجسس من قبل كل من يستطيع مراقبة اتصالك بالإنترنت. اسم المستخدم في "واتس آب" هو عبارة عن رقم الهاتف، أما كلمة المرور فيتم إنشاؤها تلقائيًا عند تسجيل الاشتراك بالبرنامج، ويتم إرسال اسم المستخدم في كل مرة تستعمل البرنامج بصيغة نص غير مشفر، ما يعني أن كل من يستطيع مراقبة اتصالك سيتمكن من معرفته.

2- عدم إكمال المكالمات فشل الاتصال الصوتي حين يظهر للمستخدم أن عملية الاتصال جارية ويبدو له أن هاتف المتصل به يستقبل المكالمة، في الوقت الذي لا يظهر تطبيق "واتسآب" على الطرف الآخر أية إشارة بورود مكاملة، وإنما يعلم في وقت لاحق عبر شريط الحالة العلوي، أن لديه مكالمات لم يرد عليها.

3- للأغنياء فقط التطبيق متاح فقط على هواتف الأندرويد، لأن الشركة الأم تستهدف مستعملي هذا النوع من الهواتف الذكية، واللذين تجاوز عدد مستخدمي "واتسآب" منهم الـ 700 مليون عبرالعالم.