أقرت هيئة مياه ولاية الخرطوم بوجود تلوث في المياه في الولاية ناتج عن إختلاط المياه الجوفية "القريبة" في مياه آبار السايفون ، فضلًا عن تفريغ مخلفات المصانع والصرف الصحي في النيل.
 ودعا نواب في البرلمان لمعالجة التلوث ، مشددين على أن جميع الأمراض تنتج عن تلوث المياه.

وقال المستشار الفني في هيئة مياه ولاية الخرطوم محجوب محمد طه في جلسة البرلمان التي انعقدت في شكل لجنة لمناقشة مشاكل المياه إن الهيئة تعمل على استخراج المياه الجوفية النقية من أعماق بعيدة تصل 1200 قدم بسبب أن الأعماق القريبة تختلط مع آبار السايفون.
وأضاف: "حفر آبار السايفون خطأ وبسببها حفرنا 1200 قدم حتى نحصل على مياه شرب نقية" ، موضحًا أن مياه النيل أيضاً تحمل قدراً من التلوث
وقال إن أغلب مخلفات المصانع وجزء من الصرف الصحي يذهب إلى النيل مباشرة.

وأشار عضو البرلمان إبراهيم بشير خير السيد إلى أن المواطنين يعانون من البلهارسيا بسبب مشاكل المياه ، مطالبًا بخط ناقل من النيل الأبيض لحل مشكلة المياه في مدينة الأبيض.
بدوره انتقد عضو البرلمان دكتور محمد المساعد اقتصار شبكات الصرف الصحي على منطقة ضيقة وسط الخرطوم، وقال: "إذا كان مفهوم الصرف الصحي هو الموجود حول القصر الجمهوري والذي شيده الإنجليز معناها لايوجد صرف صحي في الخرطوم، وإذا كان مقصود به الحفرة التي نحفرها في البيوت، فذلك تلوث لأن ما يخرجه الإنسان يرجع إليه في شرابه".

وذكر أن مياه الأمطار تتسبب في مشاكل وتلوث مياه الشرب ، مستشهداً بجرف السيول الأخيرة حمامات المنازل ونقلها إلى النيل، مبيناً أنها تسببت في الإسهالات المائية لاحقاً.

من جانبها اشتكت عضو البرلمان نوال محمد من ضعف شبكات الصرف الصحي في ولاية سنار ، مشيرة إلى أن عمرها وصل لـ 50 عاماً وأصبحت موبوءة بالأمراض والإسهالات والفشل الكلوي.