يهدد التلوث و النفايات المنزلية الآتية من مناطق النشاطات الاقتصادية و السكن بالمنطقة و ولاية المحمية الطبيعية بالرغاية و بحيرتها بنظامها البيئي.
وقد علم من المديرية العامة للغابات التي يوجد مقرها ببن عكنون أنه يتم بذل جهود لمكافحة آثار التلوث على هذه المحمية الرطبة المصنفة موقعا محميا في اتفاقية رامسار.
وتواجه المنطقة الرطبة للرغاية المصنفة  ضمن مواقع رامسار ذات  الأهمية الدولية في يونيو 2003  و بحيرتها التي تمتد على 75 هكتارا تولثا متزايدا خاصة بفعل النفايات الصناعية و المنزلية.
كما أن التدهور المتواصل لنوعية مياه البحيرة جراء المواد الصلبة والكيميائية و نفايات المياه المستعملة للمدن يهدد بزوال عدة أنواع حيوانية و نباتية محمية مما يشكل انشغالا كبيرا، حسب مديرية المركز بالرغاية.
في هذا الشأن، صرح مدير المركز عبد الغاني بومسعود لوأج أن " أكبر مشكل في حماية بحيرة الرغاية يكمن في تدهور نوعية المياه جراء صب وادي الأبيار و الرغاية الملوثين بالمياه المستعملة و المواد الكيماوية علما أن هذين الوادين غير موصولين بمحطة التطهير بالمدينة.
آخر مستنقعات المتيجة          
ذكر السيد بومسعود أن " بحيرة الرغاية تعد آخر أثار مستنقعات هضبة المتيجة" ليؤكد مجددا الأهمية الايكولوجية لنوعية المياه و ضرورة القيام بكل ما من شأنه حماية مثل هذه " المحمية الطبيعية".
ويتردد على هذه البحيرة 3000 طائر يعيش في الوسط المائي شهريا بمعدل  47 نوع من الطيور المحلية و المهاجرة سنويا حسب احصائيات المركز الذي يسجل ترددا متزايدا لهذه الطيور على الموقع.         
خطر التلوث
لكن هذه الطبيعة البديعة التي قد تلهم الفنان بجمالها و الزاخرة بثرائها النباتي و الحيواني هي اليوم عرضة للتلوث الصناعي و العمراني.    
وأودع مركز الرغاية في أكتوبر 2013 شكوى لدى مديرية الغابات لولاية الجزائر للإسراع بإيجاد حل للخطر المتزايد الذي يشكله التلوث على بحيرة الرغاية، حسبما أكده السيد بن مسعود.
وكان الرد إيجابيا حسب نفس المتحدث الذي أوضح أن الوالي المنتدب للدائرة الإدارية للرويبة استدعت خلال نفس الشهر جميع الأطراف المعنية إلى جلسة عمل لدراسة قضية تلوث مياه الرغاية.
وأوضح السيد بن مسعود أنه "بعد حصة العمل هذه تقرر جميع عينات من المياه لمعرفة نسبة التلوث و تحديد مصدرها و اتخاذ التدابير اللازمة".
وفي انتظار اتخاذ إجراءات إدارية ضد بعض المؤسسات الصناعية التي تواصل تفريغ النفايات السامة في الواديين اللذين يصبان ببحيرة الرغاية أكد نفس المتحدث أنه لا يمكن القيام بأي عمل حاليا قبل معرفة نتائج تحاليل العينات".
وتعلق مديرية مركز الصيد آمالا كبيرة على تغيير وضعية البحيرة التي قد تسمح لها بتبني "تسيير مدمج" لهذا الموقع.
و يتم هذا التصنيف الذي سيخص 1.541 منطقة رطبة في الجزائر من قبل اللجنة الوطنية للفضاءات المحمية قانونا منذ 2011 و الذي يبقى غير مطبق، حسب نفس المتحدث.
و في انتظار حلول سريعة لحماية المحمية الطبيعية بالرغاية يبقى التلوث يهدد المياه و يؤثر على نظامها البيئي.