كشفت رسالة تم الحصول عليها في المكان الذي كان يقيم فيه زعيم تنظيم "القاعدة" الراحل أسامة بن لادن في باكستان، عن مفتاح الاتفاق الذي يحمي إيران منذ سنوات من الأعمال العدائية ضدها . وكان بن لادن قد قال في عام :2007 "ليس هناك حاجة للقتال مع إيران. فإيران هي الشريان الرئيسي للأموال والموظفين والاتصالات، وكذلك الرهائن. وقد وجهت الرسالة إلى أبو مصعب الزرقاوي زعيم تنظيم "القاعدة" في العراق، الذي أصبح في وقتٍ لاحقٍ تنظيم "داعش".

وكان الزرقاوي مؤسس فرع القاعدة في العراق، يعرف مدى التعاون بين تنظيم "القاعدة" وإيران. وبالنسبة له وغيره من الجهاديين، وفرت إيران مهربا من أفغانستان بعد غزو عام 2001، وأعطت ملاذا لشخصيات "القاعدة" تحت صفقة سرية. وكتب أيمن الظواهري، نائب بن لادن، إلى الزرقاوي للتحذير من أن مقاتلة الشيعة في العراق يضر بالعلامة التجارية للقاعدة، ويخاطر أيضا بإلحاق الضرر بعلاقة القاعدة مع إيران ذات الأغلبية الشيعية.

وفي عام 2007، أصدر الجهاديون السنة في العراق تهديدًا مباشرًا لإيران. وحذر بن لادن من مثل هذا العمليات، ولكن كراهية الشيعة ظلت عقيدة تأسيسية. وقد انتهى الالتزام بعدم مهاجمة السلطة الشيعية الرائدة في العالم. في حين أن هذا قد يكون أول تهديد ناجح من "داعش" في إيران، إلا أنها ليست أول محاولة له. وقد سبق أن حاول "داعش" وفشل عدة مرات.

وتفتقر إيران إلى السكان السنة الساخطين الذين ساعدوا "داعش" في بدايته في العراق وسورية. ومعظم الأقليات الإيرانية هم من الأكراد الذين ينتمون الى القومية الكردية. وفي عام 2011، فرضت الولايات المتحدة عقوباتٍ على ستة من عناصر "القاعدة" لاستخدام الأراضي الإيرانية لنقل الأموال والمجندين من جيران إيران إلى جنوب آسيا وأماكن أخرى.