ندد تنظيم "القاعدة" في اليمن (أنصار الشريعة)، في إصداره الأخير "وسقط القناع"، الذي بُث عبر مؤسسة "السحاب"، الذراع الإعلامية للتنظيم، بتصنيف دول خليجية وعربية، على رأسها  السعودية والإمارات والبحرين ومصر أفرادًا وكيانات، ترعاها قطر، على قوائم التطرف، في تأكيد جديد على ارتباط التنظيم بجماعة الإخوان المسلمين، والدور القطري الداعم لهما.

ووصف القيادي في تنظيم "القاعدة" في اليمن، خالد باطرفي، القائمة بأنها حربًا على الإسلام والمسلمين، داعيًا كل من وصفهم بالعلماء والدعاة وطلاب العلم، ومختلف فصائل الحركات والجماعات الإسلامية، إلى الانتصار والتحريض على الجهاد. وقال: "ننصح كل من هادن الطواغيت وسوغ إجرامهم أن يتقي الله ويرجع عن فعله، ويكفر عما بدر منه سابقا قبل الندم، فالطواغيت لا تنفع معهم لغة الحوار".

وسبق أن أكده القيادي جلال بلعيدي المرقشي ارتباط تنظيم "القاعدة" في  اليمن بحزب "الإصلاح" (الإخواني)، في إصدار له علق فيه على الهجمات المشتركة التي نفذتها "القاعدة" بالتعاون مع جماعة "الإخوان المسلمين"، ممثلة في "الإصلاح" في جبهات عدة في اليمن، أبرزها كان في مدينة  مأرب. ويشار إلى أن معظم قيادات "القاعدة" في اليمن كانوا في جماعة "الإخوان المسلمين"، وعدد منهم درسوا وتخرجوا من جامعة الإيمان، وقاتلوا جنبًا إلى جنب في عدد من جبهات اليمن.

وبين عامي 2011-2012، ومع بداية ثورات الربيع العربي، أبدى "الإخوان" مواقف متشددة من تنظيم "القاعدة"، وكان ذلك خطوة لتصدر المشهد السياسي في اليمن والوصول إلى السلطة، إلا أن العلاقات المشتركة عادت من جديد منذ العام 2014، كما عاد زعيم تنظيم "القاعدة" في اليمن، قاسم الريمي، وأكد أن تنظيم "أنصار الشريعة" قرر القتال، بعد عملية الإنزال الجوي من قبل القوات الأميركية في البيضاء. وأكد مختص في شؤون الجماعات والحركات الإسلامية في اليمن، طلب عدم ذكر اسمه، أن كلمة تنظيم "القاعدة" في اليمن تأتي بشكل رئيسي كتوجيه لقواعد جماعة "الإخوان المسلمين"، والمعترضين على إدراج الشخصيات التي شملتها قائمة التطرف، مثل  يوسف القرضاوي ووجدي غنيم وعبد الكريم بلحاج والمحيسني، بعدم الدخول في العملية السياسية، واعتبارها مضيعة للوقت، واعتماد منهج القتال فقط، ضد من وصفهم بـ "الطواغيت".

وهاجم التنظيم، في العدد الأخير من أسبوعية "المسرى"، الصادرة عنه في شبه جزيرة العرب، الدول التي وصفها بأنها تشن حملة إعلامية على قطر وأميرها،، وأوردت الصحيفة أكثر من قصة في العدد ذاته تهاجم السعودية والإمارات بشدة. ووصف تقرير مطول في صحيفة تنظيم "القاعدة"، والصادرة من ساحل حضرموت، ما أسمتها الحملة على قطر بأنها نتيجة الانزعاج من الدور القطري في اليمن، ودعمها لجماعة "الإخوان المسلمين".