أفاد علماء بأن الأحلام السيئة أو الكوابيس المتكررة أثناء النوم قد تسبب العديد من الأمراض، وقد تعطي علامات تحذيرية عن أمراض وشيكة، تظهر أعراضها قبل سنوات، فوجد الباحثون أن الكوابيس العادية في مرحلة الطفولة يمكن أن تكون علامة تحذير مبكرة من اضطرابات نفسية في وقت لاحق قد تصيب الطفل. وأكّدت دراسة نُشرت في مجلة "Sleep" أن هناك حوالي 6,800 طفل يعانون من كوابيس متكررة

–من مرتين إلى ثلاث مرات في الأسبوع- والذين تتراوح أعمارهم بين سنتين وسبع سنوات، أكثر عرضة ثلاث مرات ونصف للإصابة بالأمراض الذهنية، مثل الهلوسة أو سماع أصوات وهم في سن المراهقة.
وأشار الباحثون إلى أن الكوابيس المتكررة يمكن أن تنتج الصدمات العاطفية للأطفال مثل سوء المعاملة أو الترهيب، وأوضحوا أن استخدام ألعاب الفيديو العنيفة وأجهزة الكمبيوتر قرب وقت النوم قد تلعب الدور اته أيضًا.
وأوضح الأستاذ في علم الأعصاب في كلية الطب في جامعة هارفارد، باتريك ماكنمارا، أن التهديدات التي يتلقاها الأطفال في حياتهم اليقظة قد تسبب لهم كوابيس مرعبة، لكن يمكن أيضًا أن تكون نتيجة مشاكل فيزيائية تتسبب في إزعاج نومنا، فنحن نحلم خلال المرحلة المعروفة باسم حركة العين السريعة (REM) من النوم، وتلك تحدث من ​4-5 مرات في الليل.

وأعلن باحث النوم وأمراض القلب في مستشفى بابوورث في كامبريدج الدكتور نيكولاس أوسكروفت، "الكثير من المشاكل الطبية تسبب لنا اضطرابات أثناء النوم، مما يعني أن الانسان مُعرّض للإيقاظ خلال مرحلة الـ"REM"، ونتذكر أنه كان كابوسًا.
فالكوابيس العادية يُمكن على سبيل المثال أن تكون ناتجة عن انقطاع التنفس أثناء النوم، حيث يتوقف التنفس موقتًا بسبب تعثر الشُعب الهوائية، وفي العام 2012 نُشرت دراسة في مجلة "Sleep Magazine" تفيد بأنه تمت تجربة قناع يساعد الهواء على المرور في المجرى التنفسي السليم لدى المرضى الذين يعانون من توقف التنفس أثناء النوم، وتوقفت 91 % من كوابيسهم.
وأوضح خبير طب النوم في جامعة الملك سعود في المملكة العربية السعودية الاستاذ الدكتور أحمد باهمام، أن الاختناق وانخفاض الأكسجين في المخ الذي يُسبِّب توقف التنفس أثناء النوم يمكن أن تؤدي إلى كوابيس.

وحذَّرَ الدكتور أوسكروفت من أن الأحلام السيئة بانتظام يمكن أن تكون مرتبطة بمشاكل القلب، فالناس الذين لديهم كوابيس منتظمة عرضة للمعاناة ثلاث مرات أكثر من عدم انتظام ضربات القلب، فالقصور في القلب يؤدي إلى تراكم الماء في الرئتين، مما يجعل التنفس أكثر صعوبة وخاصة في الليل، وذلك لأن معظم العضلات تصبح مشلولة خلال هذه المرحلة، وهذا يمكن أن يؤثر على عضلات التنفس، مما يؤدي إلى إيقاظ الناس أثناء النوم خلال مرحلة الـ"REM"، مما يجعلهم أكثر عرضة لتذكر الأحلام السيئة.
وأشار البروفيسور ماكنمارا إلى أن أي نوع من العدوى بدءًا من الأنفلوانزا الشديدة حتى العدوى في الكُلى، يمكن أن تُعرِّض الانسان للكوابيس، بينما أوضح طبيب الأعصاب الاستشاري في مستشفى سباير بوشي في واتفورد، الدكتور روبرت برينر، أنه يمكن للكوابيس العنيفة المتكرِّرة أن تكون مؤشرًا مبكرًا على الإصابة بمرض باركنسون، والتي يمكن أن تظهر أعراضه قبل 10 سنوات من ظهور المرض، وأعلن الباحثون أن الصداع النصفي غالبًا ما يسبقه أحلام غير سارة.