رغم أن كلا من الفيروسات والبكتيريا تسبب الأمراض، إلا أن هناك اختلاف كبير بينهما من الناحية البيولوجية، فالفيروسات ليست كائنات حية، ولا يمكن القضاء عليها بواسطة المضادات الحيوية. حجمها صغير جدا ولا يمكن رؤيتها بالعين المجردة، ولها قدرة على التكاثر في فترة زمنية قصيرة وسرعة هائلة، مسببة الإصابة بأمراض مختلفة. هذه صفات كل من البكتريا والفيروسات، ورغم الصفات المشتركة بينهما، إلا أن هناك اختلافات كثيرة تفرقهما. البكتريا مستقلة ذاتية البكتيريا هي كائنات حية دقيقة وحيدة الخلية تحتوي على كل ما تحتاجه للقيام بجميع وظائف الحياة الأساسية. إذ تحتوي على المادة الوراثية المسؤولة عن تحديد صفات وسلوك البكتيريا. إلى جانب أجهزة خلوية لصناعة البروتينات التي تحتاجها من أجل حياتها. فخلية البكتريا مثلنا تتغذى وتقوم بالاستقلاب الذاتي وتتكاثر بالانقسام. ومن بين الأمراض التي تسببها البكتريا مثلا، الدفتيريا والكوليرا والسعال الديكي والسلّ. ليست كل أنواع البكتيريا مضرة بالصحة، بل على العكس فجسم الإنسان بحاجة ماسة لبعض أنواع البكتريا للبقاء بصحة جيدة. فالبكتريا المعوية على سبيل المثال تساعد الجسم على الهضم. الفيروسات جزيئات وليست مكونا خلويا وخلافا للبكتيريا فإن الفيروسات عبارة عن جزيئات معدية وليست خلايا. وتتألف من مواد وراثية محاطة بغشاء واق من البروتينات ولا تمتلك أجهزة خلوية لتوليد الطاقة وإنتاج البروتينات أو للتكاثر. وبالتالي فإن الفيروسات أصغر بكثير من البكتيريا. فبينما يبلغ حجم البكتريا 0.001 ملليمتر، فإن حجم الفيروسات لا يزيد عن 1 بالمائة من هذا الحجم. وكثير من العلماء لا يرون الفيروسات على أنها كائنات حية. بل يعتمد ذلك على المقصود من مصطلح "الحياة"، إذ لا يوجد لهذا المصطلح تعريف موحد. ولا يمكن للفيروسات أن تتكاثر بدون مساعدة خارجية. إذ تدخل مكونات الحمض النووي والغلاف البروتيني للفيروس إلى الخلية المضيفة، ليتم تثبيط وإيقاف كل المعلومات الجينية الموجودة في الخلية المضيفة، ويسخر الفيروس الخلية المضيفة لتكوين فيروسات جديدة إلى أن تنفجر الخلية وتتحرر فيروسات جديدة. ولكل فيروس خلاياه المضيفة الخاصة به. فبعض الفيروسات تصيب النباتات وبعضها يصيب الحيوانات وهناك أنواع أخرى تصيب الإنسان. وتسبب الفيروسات للإنسان أمراض مثل الإيدز والهربس والتهاب الكبد والإنفلونزا والحصبة والحمى الصفراء. أدوية خاصة لعلاج الفيروسات تؤثر المضادات الحيوية على البكتيريا فقط. فالفيروسات لا تعتبر كائنات حية، ما يعني أن القضاء عليها غير ممكن. وعلاجها يمكن أن يتم باستخدام مضادات فيروسية. والمعروفة باسم " Virostatika"، إذ تمنع تكاثر الفيروسات وذلك بمنعها من دخول الخلايا المضيفة. ورغم ذلك يصف الطبيب لدى إصابة المريض بالتهاب فيروسي غالبا مضادا حيويا. فالإصابة بفيروس تضعف جهاز المناعة وتتيح فرصة للبكتريا بمهاجمة الجسم مسببة المزيد من الالتهابات، والمضادات الحيوية تمنع هذه العملية.