قال المتحدث الرسمي لوزارة الأوقاف الشيخ سلامة عبد القوي إن مفتى الجمهورية د.علي جمعة عضوا بالمجلس الأعلى للشؤون الإسلامية بصفته الوظيفية كمفتي الجمهورية وستستمر عضويته لشخصه كعالم جليل. وقال إن ما يثار بوسائل الإعلام حول أخونة المجلس الأعلى للشؤون الإسلامية ما هو إلا محض افتراء وكذب  وتضليل إعلامي وكل ما يتخذه المجلس من قرارات تصدر طبقا للائحة الخاصة بالمجلس. وأضاف عبد القوي أنه تم إبطال عضوية عميد كلية أصول الدين بالمنصورة وعضو مكتب الإرشاد بجماعة الإخوان المسلمين د.عبد الرحمن البر نظرا لتغيبه عن حضور ثلاث جلسات للمجلس الأعلى حيث أن لائحة المجلس تنص على أن كل عضو يتغيب عن حضور ثلاث جلسات للمجلس تبطل عضويته.