أكد المتحدث الرسمي باسم وزارة الخارجية المصرية، قرار السلطات المصرية فرض تأشيرة دخول على السوريين موضحاً أن القرار يتعلق بالظرف الحالي والمؤقت الذي تمر به مصر، وأنه لا يؤثر بأي حال على الموقف المصري المبدئي الداعم للثورة السورية. وفي بيان له،  طلب مجدداً المتحدث باسم الوزارة من السوريين الذين يقيمون في مصر أو يرغبون في الإقامة فيها ضمن الإطار القانوني للدولة المصرية أن يراعوا "الموقف الأمني" الذي تمر به البلاد حالياً، وأن يتفهموا طبيعه هذا الإجراء الذي "لا ينتقص من العلاقة التاريخية بين الشعبين المصري والسوري الشقيقين أو ما تقدمه مصر من تسهيلات للإشقاء السوريين المتواجدين في مصر"، على حد قوله. في السياق ذاته رفضت سلطات مطار القاهرة الدولي، ظهرالثلاثاء دخول 276 سورياً إلى مصر، وقامت بإعادتهم إلى الدول التي قدموا منها، وذلك لعدم تطبيقهم إجراءات الدخول الجديدة على السوريين والتي تتضمن الحصول على تأشيرة وموافقة أمنية مسبقة، بحسب تصريحات لمصادر ملاحية. وقال مصدر أمني بمطار القاهرة إن الطائرة التابعة للخطوط السورية القادمة من دمشق كان على متنها 200 راكب وتم رفض دخول ركابها إلى البلاد وإعادتهم من حيث أتوا لعدم تحقيق ركابها الشروط الجديدة المطلوبة، كما تم ترحيل 76 راكباً سورياً قادمين من بيروت للسبب نفسه. وكانت سلطات مطار القاهرة الدولي رفضت ظهر الثلاثاء دخول 189 سورياً إلى مصر، وقامت بإعادتهم إلى الدول التي قدموا منها، وذلك لعدم التزامهم بإجراءات الدخول الجديدة على السوريين، بحسب مصادر مسؤولة بالمطار. وفي وقت سابق أفادت مصادر ملاحية أنه تم منذ صباح الاثنين بدء تطبيق إجراءات جديدة على دخول السوريين لمصر من بينها حصولهم على تأشيرة دخول وكذلك موافقة أمنية، (دون ذكر أسباب) وذلك على عكس ما كان معمولاً به منذ الثورة السورية التي اندلعت في مارس/آذار 2011 وحتى يوم الأحد. وأضاف المصدر إلى أن نظام الرئيس المصري المقال محمد مرسي كان يسمح بدخول السوريين دون شروط إلا أنه وبعد إقالته أمرت السلطات المصرية بتكثيف الإجراءات الأمنية على حدود البلاد. وإن قرار السلطات المصرية برفض دخول السوريين دون موافقات أمنية وتأشيرة جاء مفاجئاً للسوريين حيث تلقوا الخبر فور وصولهم مطار القاهرة والبدء في إنهاء إجراءات الوصول. ووقعت 20 جمعية وجبهة سورية تعيش في العاصمة المصرية القاهرة، الاثنين بياناً أعلنت فيه أنها تقف على مسافة واحدة من كل ما يحدث في مصر، وأنها ليست طرفاً في الأزمة السياسية بين المصريين. وكانت الداخلية المصرية حذرت، مؤخراً، العرب المتواجدين في مصر، وخاصة السوريين والفلسطينيين والعراقيين، بعدم التواجد بالتظاهرات "حرصاً على سلامتهم وعدم تورطهم في الأحداث". جاء ذلك بعدما تناقلت صحف ومواقع إخبارية محلية أنباء عن إلقاء الشرطة المصرية القبض على عناصر عربية في مواقع تظاهرات تشهد أعمال عنف في البلاد، قالت إن بعضهم عثر بحوزته على أسلحة ومواد متفجرة. وتتهم قوى معارضة للرئيس المصري المقال محمد مرسي جماعة الإخوان المسلمين بدفع لاجئين سوريين في مصر للمشاركة في تظاهراتمؤيدة له. وأعلن الرئيس المصري المقال محمد مرسي منتصف يونيو/حزيران الماضي عن قطع العلاقات بين القاهرة ودمشق وطرد السفير السوري من القاهرة واستدعاء السفير المصري من دمشق، وذلك في مؤتمر لنصرة ودعم سورية نظمته قوى إسلامية آنذاك. غير أن المتحدث الرسمي لوزارة الخارجية المصرية بدر عبد العاطي أعلن الأحد في تصريحات صحفية عن أنه تم الاتفاق بين الجانبين المصري والسوري بعد قطع العلاقات الدبلوماسية بينهما على الاحتفاظ بعلاقات قنصلية بين البلدين. ويقدر عدد اللاجئين السوريين المسجلين لدى مكتب مفوضية اللاجئين التابعة للأمم المتحدة في مصر 35 ألف لاجئ، إضافة إلى 18 ألفاً على قوائم الانتظار. غير أن هذا العدد أقل بكثير من الأعداد المتواجدة فعلياً على أرض مصر، لعدم رغبة الكثيرين في التسجيل لدى المفوضية، للحصول على قدر أكبر من الحرية في السفر، وذلك وفق محمد الديري رئيس مفوضية اللاجئين بالقاهرة.