اعتبر زعيم تنظيم القاعدة ايمن الظواهري ان الاسلاميين الذين وصلوا الى السلطة عبر الانتخابات في مصر وتونس مسؤولون جزئيا عن خسائرهم السياسية الاخيرة متهما اياهم بانهم متصالحون جدا مع خصومهم.وفي تسجيل صوتي مدته 16 دقيقة بعنوان "التوحيد في مواجهة الطاغوت" بث الجمعة على مواقع اسلاميين متطرفين، تحدث الظواهري اساسا عن بلده مصر حيث قال ان السلطات المدعومة من الجيش تقوم بحرب على الاسلام بأمر من الولايات المتحدة واسرائيل.وعزل الجيش المصري في الثالث من تموز/يوليو الماضي الرئيس الاسلامي محمد مرسي اثر تظاهرات حاشدة طالبت باستقالته وتنظيم انتخابات رئاسية مبكرة.وقال الظواهري في الشريط الذي نقله ايضا موقع سايت الاميركي المتخصص في متابعة المواقع الاسلامية المتطرفة إن "الغلظة والقسوة والفظاظة" في تعامل الجيش المصري مع انصار مرسي "تثبت مدى حقد العسكر العلمانيين المتأمركين وأحلافهم من أعداء الاسلام على كل من ينتسب له"، مشددا على ان "العسكرية العلمانية وأحلافها وأعداء الاسلام يريدون أن يستأصلوا كل من يرفع شعار الإسلام".وفي 14 آب/اغسطس انهت السلطات المصرية بالقوة اعتصامين لانصار مرسي في القاهرة ما خلف مئات القتلى. كما تم توقيف اكثر من الفي اسلامي معظمهم من قيادات الاخوان.وتنظيم الاخوان المسلمين في خلاف مع القاعدة التي ترفض المشاركة في اي عملية ديمقراطية.واعتبر الظواهري ان الصراع بين قوات الامن وانصار مرسي هو "صراع ضد الاسلام، صراع ضد الشريعة، صراع ضد الاقرار بحق المولى سبحانه في التشريع صراع ضد استقلال الامة المسلمة وصراع ضد قيام الخلافة".ودعا الظواهري المصريين المسلمين الى "ان يتصدوا لهذا التحالف الامريكي الاسرائيلي العلماني الصليبي التي تقوده العلمانية العسكرية (...) ليخلصوا مصر من هذه العصابة المجرمة التي قفزت على الحكم بالحديد والنار واستغلت تنازل بعض الفئات في لهثها وراء سراب التوافق الموهوم". واعتبر الظواهري ان "الماساة" ذاتها حدثت في تونس حيث وعد حزب النهضة الاسلامي الاسبوع الماضي باستقالة الحكومة تحت ضغط المعارضة بعد ازمة سياسية طويلة بدأت اثر اغتيال المعارض اليساري شكري بلعيد في شباط/فبراير واستفحلت مع اغتيال المعارض القومي الناصري محمد البراهمي في تموز/يوليو 2013.وقال "في تونس تتكرر نفس المأساة، فمنهج التوافق مع اعداء الاسلام على حساب عقائد الاسلام واحكامه وشرائعه يشهد اليوم فشلا ذريعا وسقوطا فظيعا.هاهم العلمانيون الذي سعى المتنازلون للتنازل لهم ينبذونهم ويتبرأون منهم ويتكبرون عليهم".واصبح الظواهري زعيما للقاعدة بعد مقتل اسامة بن لادن في غارة اميركية بباكستان في ايار/مايو 2011.