للمرة الثانية يرفض الأزهر مشروع قانون "الصكوك الإسلامية" الذي تقدمت به الحكومة، مما يثير الكثير من التساؤلات حول طبيعة دور هذه المؤسسة مستقبلاً في العملية السياسية طبقاً للدستور.تنص المادة الرابعة من الدستور المصري الذي تم إقراره على ضرورة أخذ رأى هيئة كبار العلماء بالأزهر الشريف في الشؤون المتعلقة بالشريعة الإسلامية، والتي يعتبرها الدستور في المادة الثانية المصدر الرئيسي للتشريع. قبل الثورة تم أخذ رأي الأزهر بالخصوص في التشريعات التي تتعلق بالأحوال المدنية. غير أن الأسبوع الماضي شهد توسعا في التعامل مع مرجعية الأزهر، لا فيما يخص المواقف الفقهية فقط،  بل أيضا فيما يخص الجوانب التشريعية، حيث عرضت وزارة المالية مشروع الصكوك الإسلامية على الأزهر قبل عرضه على مجلس الشورى الذي يقوم الآن بمهام تشريعية إلى حين انتخاب مجلس نواب جديد في مصر. المشروع الذي رفضه الأزهر كما جاء في بيان هيئة كبار العلماء يشكل خطورة على الأمن القومي لأنه يسمح ببيع وتأجير أصول الدولة.ووعدت الحكومة بتعديل القانون وعرضه مرة ثانية، لكن ذلك قد يفتح الباب لتدخل الأزهر بقوة في العملية التشريعية وليصبح إحدى المؤسسات الحاكمة وليست فقط المؤثرة في المشهد السياسي المصري.الفقيه الدستوري د.جابر نصار يري أن أزمة الصكوك الإسلامية هي البداية: ففي ظل الدستور الحالي الذي قلص من انفتاح النظام القانوني المصري على المذاهب الإسلامية، فإنه يعتبر من جهة أخرى ثاني دستور على مستوى العالمي يحدد مذهباً سنيا محدداً بعد الدستور الإيراني الذي يتخذ من المذهب الشيعي مرجعية أساسية في التشريع. ولفت د.جابر النظر إلى أن الخطورة في المادة الرابعة التي تنص على مرجعية الأزهر، الفقرة 219، تتجلى في ربط مصادر التشريع بقواعد أصولية وفقهية تطلق فقط من مذاهب أهل السنة والجماعة، في حين هناك عشرات القوانين التي تبناها القانون المصري في الأحوال الشخصية واعتمد فيها مذاهب أخري  مثل المذهب الجعفري المعترف به في الأزهر أيضا.الكاتب والمتخصص في الشؤون الدينية في مصر عمرو عزت يري أن موقف الأزهر من مشروع قانون الصكوك الإسلامية هو اختراق لفكرة الدولة المدنية الديمقراطية، فالأزهر تجاوز في رده دوره كجهة فنية لشرح مصدر التشريع من منظور "الشريعة الإسلامية" وتحول إلى مؤسسة سياسية لها سلطة وقول سياسي مواز لغيرها من المؤسسات السياسية المنتخبة.عن طبيعة التيارات السياسية المتحكمة في الأزهر يقول عمرو عزت: "الأزهر ودار الإفتاء ووزارة الأوقاف، بفعل الممارسات الأمنية في عهد مبارك اقتصرت على تيار محدد تم وصفه بالوسطية، وبالتالي تم تنقيتها من الإخوان والسلفيين، لكن الآن يحاولون السيطرة والعودة إلى تلك المؤسسات". وتشهد المؤسسات الثلاث صراعات سياسية داخليا لفرض سيطرتها علي الأزهر. فوزير الأوقاف الحالي على سبيل المثال هو عضو الهيئة الشرعية للحقوق والإصلاح التي تضم في عضويتها خيرت الشاطر القيادى الإخوانى.أما عن الأزهر فيقول عمرو عزت: "الأزهر بتشكيله الحالي برئاسة د.أحمد الطيب الذي اختار هيئة كبار العلماء لا يضم أي شيخ إخواني أو سلفي، مع الإشارة إلى أن الدستور الجديد ينص على عدم جواز عزل شيخ الأزهر. غير أن التصريحات الأخيرة للقيادي السلفي ياسر برهامى كشفت عن سعى السلفيين إلى تغيير قانون الأزهر لإجراء عملية تغيير داخل هيئة كبار العلماء، وهى الهيئة التي ينص الدستور على أخذ رأيها فيما يخص الشريعة". لكن القلق على مسار الأزهر لا ينطلق فقط من احتمال تحول هذه المؤسسة العلمية إلى مؤسسة سياسية بل أيضا من تأثير ذلك على الشريعة ذاتها، حيث يري البعض أن احتكار الأزهر لتفسير "الشريعة الإسلامية" كما ينص الدستور المصري على ذلك هو وضع جديد في التشريع المصري قد يحول الأزهر إلى ولاية الفقيه. غير أن الشيخ سالم عبد الجليل يري أن هذا الأمر لا يمكن حدوثه لأن الأزهر منفتح على كل المذاهب والتيارات، ويقول: "حينما تدخل الأزهر كطالب علم يمكنك اختيار أي مذهب تريد التخصص فيه، وبالتالي فالخوف من سيطرة تيار سياسي أو فقهى معين على الأزهر لا  أساس له من الصحة".