نشر تنظيم القاعدة بيانا له بشأن أحداث إقتحام مبنى قيادة المنطقة العسكرية الثانية في اليمن أعلن فيه مسؤوليته وتبنيه للعملية التي وصفها أنها تأتي ردا على عمليات الطائرات دون طيار الأميركية وأنه استهدف مقر قيادة المنطقة العكسرية الثانية. وقال بيان التنظيم إنه أستهدف غرفة عمليات توجد في إدارة المنطقة العسكرية الثانية الكائنة في منطقة خلف على ساحل مدينة المكلا في حضرموت ، التي أوكل إليها بحسب البيان مهام مراقبة الملاحة البحرية والاتصالات والتشويش وأمور متعلقة بمحاربة ما أسموه بـ"الإرهاب"، ووفرت لها أجهزة متطورة عبر الاستخبارات الأميركية والألمانية مرتبطة بالأقمار الصناعية. وجاء في البيان "في الأعوام الأخيرة وفي ظل الهيمنة الأميركية على اليمن حُوّل عدد من المقار العسكرية للجيش والأمن إلى غرف استخبارات وإدارة مشتركة لتوجيه الحرب ضد المجاهدين وتسيير الطائرات دون طيار. وعليه قام المجاهدون بتوجيه ضربة قاسية إلى أحد هذه المقرات وهو غرفة عمليات توجد في إدارة المنطقة العسكرية الثانية الكائنة في منطقة خلف على ساحل مدينة المكلا في حضرموت، وحسب المعلومات المتوفرة عند المجاهدين فإن هذه الغرفة أوكل إليها مهام مراقبة الملاحة البحرية والاتصالات والتشويش وأمور متعلقة بمحاربة ما أسموه بـ"الارهاب"، ووفرت لها أجهزة متطورة عبر الاستخبارات الأمريكية والألمانية مرتبطة بالأقمار الصناعية. وفي صبيحة الاثنين 30 أليول /سبتمبر تقدمت مجموعتان من المجاهدين إلى مقر قيادة المنطقة العسكرية الثانية، وبدأ الهجوم بتقدم المجموعة الأولى متنكرين بلباس عسكري ومعهم بسيارة ملغمة بالمتفجرات حتى وصلوا إلى مقر قيادة المنطقة الثانية، وبعد الاشتباك مع حاجز التفتيش ثم الوصول للبوابة وتصفية طاقم الحراسة المتكون من عشرة جنود، وضع المجاهدون السيارة الملغومة على البوابة ثم واصلوا طريقهم إلى داخل مبنى قيادة المنطقة العسكرية الثانية وقاموا بتصفية كل الضباط المتواجدين في جميع طوابق المبنى -عدا أربعة فروا أول المعركة-. واستمرت المعركة ثلاثة أيام سيطر فيها المجاهدون على مبنى القيادة بشكل كامل، وصدوا حملتين للقوات الخاصة، وأوقعوا فيهم قتلى بعد تفجير السيارة الملغومة عليهم عند البوابة. وأدت العملية لتدمير غرفة القيادة بشكل كامل، وتدمير مخازن الذخيرة والآليات الحديثة في محيط المبنى، ويقدر عدد القتلى من الضباط بالعشرات؛ خصوصاً أن العملية كانت في يوم لقاء إداري جمع ضباط المنطقة الشرقية. فيما قتل أحد الإخوة من المجموعة الانغماسية. أما المجموعة الثانية فقد تقدمت منذ بدأ العملية إلى معسكر الأمن المركزي المتواجد في محيط المنطقة العسكرية وقامت بضرب عدد من القذائف على مقر المعسكر ما أدى إلى إصابات في صفوف قوات الأمن المركزي، كما تم تفجير عبوة ناسفة عليهم أثناء خروجهم من المعسكر، ما أدى إلى عزل معسكر الأمن المركزي ومشاغلته عن التدخل لعرقلة مهمة المجموعة الأولى. وتكتمت الحكومة اليمنية على نتائج العملية، ولم تعلن عن عدد القتلى ولا عن رتبهم العسكرية، ولا عن نوعية الهدف المستهدف، حتى تخفي على العالم الهزيمة النكراء وعجزها التام عن حماية هذا المقر المهم. وختاماً فإننا نقول أولاً: إن مثل هذه المقرات الأمنية المشتركة أو المشاركة للأميركان في حربهم ضد هذا الشعب المسلم هي هدف مشروع لعملياتنا في أي مكان كانت، وسنفقأ هذه الأعين التي يستخدمها العدو، والله ناصرنا ومعيننا وعليه نتوكل. ثانياً: إلى ضباط الجيش والأمن اليمني؛ خذوا على يد العميل عبد ربه منصور الذي يجركم ويجر البلد إلى أتون حرب تدفعون أنتم ثمنها نيابة عن الأميركان، وإن الحرب تولد الحرب، وعبد ربه عاجز عن حمايتكم؛ فلا تبذلوا أرواحكم في حرب بالوكالة، تخسرون فيها دينكم ودنياكم. ثالثاً: إلى إخواننا المسلمين في كل مكان: إننا مستمرون في جهادنا بإذن الله حتى يقام الدين، وتحكم الشريعة، ويعم العدل، وتبسط الشورى، والله على ذلك قدير.