تستخدم بذور الكتان من عهد الفراعنة، ويدل على ذلك النقوش الموجودة على جدران المعابد، مما يدل على عظم الفائدة من بذور الكتان.

وتستخدم بذور الكتان الناضجة دائما، لكن هناك تحذير في حال استخدام بذور الكتان غير الناضجة نظراً لاحتوائها جلوكوزيدات سيانوجينية سامة .
تستخدم البذور وكذلك الزيت بعد عصره ويسمى الزيت الحار لإنه يعمل على سخونة الجسم، ويخلصه من الدهون.

بذور الكتان لها فوائد كثيرة ومنها :
تقوية جهاز المناعة:

بذور نبات الكتان لها القدرة على تقوية جهاز المناعة وتنظيم عمله في الجسم، وبالتالي فأن الجسم يقاوم الكثير من الأمراض المرتبطة بجهاز المناعة، ومن هذه الامراض : الروماتويد، داء الذئبة الحمراء، والصدفية.
خفض معدل السكر وضغط الدم

تشير الدراسات الطبية إلى أن إضافة ربع كوب من بذر الكتان المطحون الى الطعام يساعد في تخفيف ضغط الدم، والحفاظ على توازن معدلات السكر بالدم.
الوقاية من أمراض القلب

الزيوت والالياف الموجودة في بذور الكتان، تساعد في تقليل إحتمالية الإصابة بأمراض القلب والنوبات القلبية .
بذور الكتان تحتوي على أوميجا 3

يعد بذر الكتان غني بالاحماض الدهنية ( اوميجا – 3 ) مثل حمض الفالينوليك، ومركبات الإستروجين النباتية، هذه المواد التي يحتويها بذر الكتان تقاوم مرض السرطان وتكافحه, وهذه المواد لا يستطيع الجسم انتاجها ويجب عليه أخذها من النباتات ويعد بذر الكتان أغنى النباتات بهذه المواد.

كما يحتوي بذر الكتان على الدهون الغير مشبعة والتي تعد مفيدة لجسم الانسان.
بذر الكتان يقلل نسبة الكوليسترول، ويعالج الإمساك

يحتوي بذر الكتان على نوعين من الألياف، وهما الألياف القابلة للذوبان والألياف الصلبة، الألياف القابلة للذوبان تقوم بخفض الكوليسترول بالدم، والألياف الصلبة تقوم بمنع الاصابة بالامساك، وقليل من النباتات من تحتوي على هذين النوعين من الالياف، مما يدل على فوائده العظيمة.