استوحى زعيم تنظيم القاعدة السابق أسامة بن لادن، فكرة هجمات 11 سبتمبر/أيلول من الطيَار الذي حطم طائرة في المحيط عام 1999، وعندما علم بن لادن بتنفيذ هجوم انتحاري على طائرة مصر للطيران ما أدى إلى قتل 217 شخصًا بينهم 100 أميركيًا تساءل الزعيم المتطرَف "لماذا لم تصطدم الطائرة بمبنى؟".
 
وتشكلت الفكرة لاحقا عندما التقى بن لادن بالمنفذ الرئيسي للهجوم والذي تخصص في اختطاف الطائرات الأميركية، وبعد عامين نفذ مهاجمون انتحاريون واحد من أعنف الهجمات المتطرفة في الولايات المتحدة عن طريق قيادة طائرتين أميركيتين تم اختطافهم في اتجاه مركز التجارة العالمي، وتم خطف طائرتين أخرتين أحدهما ضربت "البنتاغون" والثانية سقطت بعد تغلب الركاب على المتطرفين في واقعة راح ضحيتها ثلاثة آلاف شخصًا.
 
وغيّر بن لادن استراتيجية التنظيم قبل هجمات 11 سبتمبر/ أيلول لاستهداف الولايات المتحدة بدلا من الدول والحكومات في العالم العربي حيث يوصف الأميركيين بالمتعاونين، وأفادت صحيفة "جيروزاليم بوست" الإسرائيلية أن مجلة المسرة الأسبوعية التابعة لتنظيم "القاعدة" بيّنت أن بن لادن استوحى الفكرة عندما علم بقصة الطيار "جميل البطوطى" (59 عاما) المسؤول عن قتل 217 شخصا كانوا على متن طائرة مصر للطيران التي غادرت من لوس أنجلوس متجهة للقاهرة.
 
وأوضحت الصحيفة أن البطوطى اختطف الطائرة من طيار الرحلة الأساسي واتجه بها إلى المحيط الأطلسي بتاريخ 31 أكتوبر/تشرين الأول 1999، وفى حين يعتبر التطرَف حافزًا محتملًا لما حدث إلا أن المحققين وجدوا أن البطوطي يواجه قضايا تأديبية في العمل وكان على وشك المنع من التحليق فوق طرق الأطلسي.
 
وكشفت تسجيلات الطائرة بعد تحطمها أن البطوطي طلب تخفيف تحكم الطيار بعد الإقلاع قبل التلاعب في إعدادات رحلة الطائرة، وأوضحت المسجلات أثناء الهبوط البطوطي يقول مرارا وتكرارا "توكلت على الله". ويتناقض التحقيق المصري مع مزاعم تحقيق الولايات المتحدة حيث أشار التحقيق المصري إلى أن البطوطي كان متدينًا وأنه لم ينتحر، إلا أن العديد من المشككين في القضية كانت لهم دوافع سياسة وأن المحققين المصريين ينفذون أوامر رؤسائهم.
 
وتشكَلت خطة بن لادن عندما التقى خالد شيخ محمد والذي لقب فيما بعد بالمهندس الرئيسي لهجمات 11 سبتمبر/ أيلول والمسجون حاليا في غوانتانامو، واعتقل محمد في باكستان عام 2003 وتم تسليمه إلى الولايات المتحدة وسجن في كوبا حيث تعرض لأساليب استجواب مثيرة للجدل بواسطة وكالة الاستخبارات المركزية، وسافر محمد في وقت مبكر من عام 1994 إلى الفليبين لتدمير طائرة تجارية تسافر من وإلى الولايات المتحدة فيما عرف بعملية "بوجينكا"، إلا أن السلطات اكتشفت مؤامرة زرع قنابل على الطائرة لكنه هرب إلى منطقة الشرق الأوسط.
 
والتقى محمد ببن لادن عام 1996 في أفغانستان حيث وضعا الخطة التي سببت أحداث 11 سبتمبر/أيلول في نهاية المطاف، وأفيد أنهما خططا لتفجير قنابل على الرحلات الجوية بدلا من استخدام الخاطفين وتنفيذ عملية تحطم انتحارية للطائرة في أحد المباني وذلك حتى وقوع حادث طائرة مصر للطيران رحلة 990 بعد ثلاثة أعوام من لقاء الرجلين.