ويتوقع أن ترتفع درجات الحرارة فيها إلى ما يتراوح بين 1.5 و2.1 درجة مئوية بحلول عام 2050. ويلفت إلى أن هذه الزيادة ربما جعلت معظم أراضي الحوض جافة أو شبه جافة، خلال العقود الأربعة المقبلة.  وينبّه إلى أن هذا الأمر يقلّص مساحات الأراضي الزراعية في دول الحوض. وتعاني كينيا موجات جفاف منذ عام 1960، وشهدت تعاقب دورات جفاف كل سنتين أو ثلاث سنوات، بين ذلك العام وعام 2000. ويرصد التقرير حدوث ما يزيد على سبعين حال جفاف بين عامي 1900 و2012، ضربت 55 منها إثيوبيا والسودان وجنوب السودان وكينيا وتنزانيا، ما أثّر في مصائر قرابة 170 مليون إنسان. فيضانات وتدهور تربة وبحسب التقرير ذاته، يعاني حوض النيل أيضاً فيضانات عنيفة فاق عددها 140 بين عامي 1900 و2012، وحدثت مئة منها في إثيوبيا والسودان وجنوب السودان وكينيا وتنزانيا، مع تأثر أكثر من عشرة ملايين إنسان بهذه الفيضانات. وإضافة إلى خطر الفيضانات وموجات الجفاف، يعاني حوض النيل من مشكلات أخرى كتدهور التربة وانجرافها، وزيادة ترسيبها في مجرى النهر وروافده. وبحسب التقرير، يواجه النيل الأزرق نسباً عالية من الترسيب مقارنة بالنيل الأبيض، ويعاني حوض النيل بعمومه مشكلة زحف الرمال، خصوصاً في السودان، ما يؤثر في تدفق النهر، وإنتاجية التربة، كما يترك آثاره على الأراضي المتاخمة للنيل.  ويعطي التقرير شواهد كثيرة على هذا الأمر، كتلك التي تحدث في منطقة الجزيرة السودانية وشمال كردفان. ويوضح أن مشكلة زحف الرمال يهدد ما يزيد على 16.6 في المئة من مساحة مصر، ويُفاقِمها سرعة الرياح ونقص الغطاء الشجري. ويشير التقرير إلى أن التصحّر يهدّد ما يتراوح بين 40 في المئة و80 في المئة من أراضي حوض النيل. وتزداد خطورة التصحّر مع زيادة تدهور الأراضي بأثر من الاحتطاب الجائر، وتسارع النمو الحضري، واستنزاف المراعي وغيرها. ويوضح التقرير العلاقة بين أوضاع البيئة من جهة وكميّة المياه في نهر النيل ونوعيتها أيضاً. ويفيد بأن دول الحوض كلها تعاني تحديّات تتعلّق بنوعية المياه. ويقول: «لا توجد قدرات كافية لدى دول حوض النيل في قياس جودة المياه، مع نقص واضح في المعامل والمعدات والتدريب، وغياب الأطر القانونية المتعلّقة بهذه المسألة. وهناك تباين بين دول الحوض في هذا الإطار. كما تعاني هذه الدول من نقص الخدمات المتعلقة بمياه الشرب النقيّة. وتؤثّر زيادة السكان في الصحة والتنمية، إضافة إلى ضعف البنية التحتية للمياه في المجالات كافة وإذا كانت هذه هي أوضاع البيئة والمناخ والمياه، فما يكون تأثيرها في التنمية في بلاد الحوض عموماً؟ إذاً، لا بد من التعامل مع المياه في شكل يتكامل مع قضايا الصحة والغذاء والطاقة».