أثار فرض الحكومة  ضريبة 10% على السوق الثانوي في كل طرح جديد، قلق المتعاملين في البورصة خوفا من تأثير ذلك على السوق، ودفع مؤشرات البورصة نحو التراجع في ظل الظروف والأزمات الاقتصادية التي تمر بها مصر فضلا عن أزمة اليورو، التي أثرت بشكل كبير على تداولات السوق. وتضمن نص مشروع قانون الضريبة الذي يطبق لأول مرة على التعاملات في البورصة ، فرض ضريبة مقطوعة بسعر 10%، دون خصم أي تكاليف على الأرباح التي يحققها الأشخاص الطبيعيون أو الاعتباريون من كل طرح للأوراق المالية، لأول مرة في السوق الثانوي، وبناء علي نشرة طرح معتمدة من الهيئة العامة للرقابة المالية أو مذكرة معلومات حسب الأحوال، أو نموذج إفصاح، والبيع المباشر في البورصة، وذلك لتحقيق العدالة الضريبية بين كل الممولين الذين يحققون أرباحا نتيجة الاستثمار، مع عدم وجود مبررات لعدم مساهمتهم في تحمل قدر من أعباء الإنفاق العام مثل سائر المواطنين. كما فرض التشريع ضريبة 10% دون أي تخفيض على توزيعات الأرباح النقدية التي تجريها الشركات، سواء كانت أموالا أم أشخاصا، وأيا كان الغرض منها، بما في ذلك الشركات المقامة بنظام المناطق الاقتصادية ذات الطبيعة الخاصة، وسواء كان من حصل على هذه التوزيعات شخصا مقيما أو غير مقيم، وسواء كان طبيعيا أم اعتباريا أو منشأة دائمة مملوكة لشخص غير مقيم، وفقاً لموقع بوابة الأهرام. كما يتضمن التشريع خضوع الأرباح الرأسمالية الناتجة عن إعادة تقييم الأصول عند الاندماج، بالنص علي أنه في حالة تغيير الشكل القانوني لشخص اعتباري أو أكثر، تخضع للضريبة الأرباح الرأسمالية الناتجة عن إعادة التقييم بما في ذلك حالات الاندماج والتقسيم بكل صورها، ويعد من التغيير في الشكل القانوني حالات: اندماج شركتين مقيمتين أو أكثر، واندماج شركة غير مقيمة مع شركة مقيمة، وتقسيم شركة مقيمة إلى شركتين أو أكثر، وتحول شركة أشخاص إلى شركة أموال، أو تحول شركة أموال إلى شركة أموال أخري، وتحول شخص اعتباري إلى شركة أموال. ووصف عضو مجلس إدارة البورصة المصرية هشام توفيق، قرار مجلس الوزراء بفرض ضريبة على تعاملات أول مرة داخل البورصة بـ"المؤسف"، مضيفا أنه يعكس انعدام الرؤية للجهات المنظمة لسوق المال المصري، ويكشف عجز الحكومة عن التنمية الاقتصادية. وشدد توفيق على أن القرار مثّل صدمة كبيرة للمتعاملين والمستثمرين على حد سواء، محذرا من أن يكون القرار بمثابة "ضربة قاتلة" للاستثمار في مصر، ومن ثم البورصة، التي من المتوقع أن تتاثر سلباً بهذا القرار. من جانبه، قال رئيس الهيئة العامة للرقابة المالية الدكتور أشرف الشرقاوي، إن قرار مجلس الوزراء، ينطبق فقط على أصحاب الشركات من المساهميين الأصليين وليس المستثمرين والمتعاملين على الأسهم، موضحا أن هذا القرار يأتي بهدف تجنب عمليات التهرب الضريبي التي كان يقوم بها أصحاب الشركات عند قيامهم ببيع شركاتهم أو حصص منها عن طريق البورصة، ما كان يؤدي إلى إهدار مليارات الجنيهات على الخزانة العامة للدولة. وأضاف أن الضريبة ستفرض على المساهمين الأصليين الذين يبيعون حصصا من شركاتهم لأول مرة من خلال البورصة، بما يعني أنها ستطبق على أول تعامل يتم على السهم، وتحسب الضريبة على الفارق بين سعر البيع للمساهم الرئيسي وبين القيمة الاسمية للسهم.  في السياق نفسه، قال رئيس البورصة المصرية الدكتور محمد عمران، إن قرار مجلس الوزراء بفرض ضريبة على أرباح الشركات عند الطرح الأولي فى السوق الثانوي، قضى على الشكوك والهواجس الدائرة فى أذهان المتعاملين حول نية الحكومة فرض ضرائب على التداولات اليومية في البورصة. وأضاف أن مستثمري البورصة غير مخاطبين بهذا القرار، وإنما ينطبق فقط على أصحاب الشركات من المساهمين الأصليين الذين يبيعون حصصا من شركاتهم لأول مرة من خلال البورصة، بحيث تخضع أرباحهم التي تحققت نتيجة الطرح لضريبة بنسبة 10%. واستبعد عمران أي تأثير على تعاملات البورصة أو المستثمرين الحاليين فيها، مؤكدا أن القرار يعطي انطباعا بالتزام الدولة بتعهداتها بعدم فرض ضرائب على البورصة، مشددا على أن قرار مجلس الوزراء "قد يكون فى ظاهره العذاب" بسبب مخاوف المستثمرين من فرض ضرائب على التعاملات، "لكن في باطنه الرحمة" خاصة أنه حسم الجدل بخصوص أي شائعات تتعلق بفرض ضرائب". وأوضح مستشار وزير المالية للسياسات الضريبية الدكتور محمد سرور، أن ما ورد في مشروع القانون الذي تتم مناقشته في مجلس الوزراء الآن عن خضوع الأرباح التي تتحقق نتيجة الطرح الأول للأوراق المالية في السوق الثانوي، ليس له علاقة بالتداول في البورصة، وإنما يُفرض على من حقق هذه الأرباح لمرة واحدة عند الطرح الأول فقط، ولا علاقة له بالبورصة من بعيد أو قريب.