تتعدد فوائد الخمائر الطبيعية الموجودة في الأمعاء، لتلعب دورا مهما في صحة الإنسان، وتحديدا في مدى تعرضه للسمنة، حسب خبراء التغذية. ويبدو أن لهذه الفطريات الطبيعية فوائد جمة، إذ أنها تسهل هضم اللاكتوز إلى حمض اللاكتيك، ما يؤدي لسهولة هضمه خاصة لدى الرضع. وأشارت أبحاث طبية مؤخرا إلى دورها في الوقاية من سرطان الأمعاء، حيث تعمل بعض أنواعها على مقاومة حدوث الطفرات في الخلايا الهضمية، إضافة إلى خفض الكولسترول في الدم. وتعد الخمائر الطبيعية من بين أهم المكملات الغذائية، التي يصفها الأطباء لمن يعاني عسر الهضم، وحتى محاربة السمنة وهي غنية بالفيتامينات التي تنشط الدورة الدموية، وايضاً تحفظ التوازن الغذائي داخل أعضائه.