جاء دشين مجلس للكنائس المصرية خلال اجتماع ضم رؤساء الكنائس الخمس، في ظل ظروف السياسية التي تمر بها مصر، تحقيقًا لحلم قديم حلم فيه أبناء الطوائف بالجلوس معًا، ووجود وحدة تجمعهم. ولقيت فكرة تدشين المجلس فرحة رؤساء الكنائس المصرية الخمس، الذين شاركوا في الاجتماع في الكاتدرائية المرقسية، الأسبوع الماضي، وهم بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية البابا الأنبا تواضروس الثاني، ورئيس الطائفة الإنجيلية القس د. صفوت البياضي، وبابا الكنيسة الكاثوليكية الأنبا إبراهيم إسحق مطران، ومطران كنيسة الروم الأرثوذكس البابا البطريك ثيودوروس الثاني، ومطران الكنيسة الأسقفية في مصر والشرق الأوسط والقرن الأفريقي المطران د. منير حنا. ورأس الاجتماع بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية البابا تواضروس الثاني الذي قدم الشكر لله على تحقيق هذا الحلم، الذي يحقق فكرة الوحدة بين الكنائس، والتي بدأت منذ سنوات، وهو حلم مبني على المحبة والمودة الأخوية، وأعرب البابا عن أمنيته في امتداد الخدمة والمحبة إلى الرعية من أبناء الكنائس، وذلك مع احترام كل كنيسة خصوصية الأخرى.  قال الأنبا بيشوي مطران دمياط وتوابعها "إن إنشاء مجلس كنائس مصر ليس له أي أبعاد سياسية، ولن يُلغي الحوارات اللاهوتية والمسكونية فستظل قائمة، وسيسعى المجلس للحوار والتواصل بين الكنائس المصرية، مع الحفاظ على خصوصية كل كنيسة في لوائحها الداخلية والتنظيمية"، مؤكدًا على أن هناك مجلس كنائس في بلدان عدة مثل لبنان والسودان، قائلاً "لذلك فكرنا في إنشاء مجلس يضم كنائس مصر لسهولة التواصل بيننا، فنحن نتقابل على المستوى الدولي والإقليمي فلماذا لا نتقابل على المستوى المحلي؟". وقال رئيس منظمة الاتحاد المصري لحقوق الإنسان المستشار نجيب جبرائيل "إن مجلس الكنائس المصرية ستكون رئاستة لمدة ثلاث سنوات بالتناوب بين رؤساء الكنائس وأمانتها، وأنه ليس له أي غرض سياسي، وإنما يعزز قيم الحوار سواء بين الكنائس المختلفة أو بين الكنائس المصرية ومشيخة الأزهر والحوار الإسلامي المسيحي"، مضيفًا أن "هذا المجلس لن يكون بديلاً عن مجلس كنائس الشرق الأوسط، وإنما يختص فقط بالكنائس المصرية، كما أن لائحته لا تتدخل مطلقًا في خصوصية وقوانين وتقاليد الكنائس الأعضاء فيه". فيما وجه الناشط الحقوقي، جرجس بشرى، دعوة إلى رؤساء مجلس الكنائس المصري لتبني مطالب عدة، لتكون من ضمن أولويات وأهداف المجلس في هذا الفترة المفصلية من تاريخ مصر عامة، وتاريخ المسيحيين المصريين خاصة، مؤكدًا أن "وحدة الكنائس المصرية ستكون حائط الصد الرئيسي في مواجهة مخططات تدبر بليل لاستهداف الوجود المسيحي في مصر، وستفوّت الفرصة على أعداء الوطن والكنيسة"، مطالبًا أن يكون مجلس الكنائس المصرية صوتًا قويًا يدين ويندد بالظلم الواقع على أقباط مصر، عبر بيانات واجتماعات تدين هذه الجرائم وبقوة وحسم، من دون مجاملة للحاكم أو السلطات"، مشيرًا إلى "أن هناك ضرورة ملحة لتكون الوحدة بين الكنائس المصرية أمرًا واقعًا، يتم ترجمته فعليًا وواقعيًا عبر التوصيات التي ستسفر عنها اجتماعات المجلس لاحقًا، وأن يشعر بهذه التوصيات كل أتباع الطوائف المسيحية الثلاث، ونبذ الخلافات الجانبية، لأن الثوابت الإيمانية التي تجمع بين الكنائس الثلاث واحدة، ولا يمكن أن تكون سببًا للفرقة وتقسيم جسد المسيح الواحد "الكنيسة". وقال مؤسس التيار العلماني في الكنيسة الأرثوذكسية كمال زاخر، إن مجلس كنائس مصر خطوة كان يُعد لها منذ سنوات، وولدت كرد على انسحاب الكنيسة المصرية الأرثوذكسية من مجلس كنائس الشرق الأوسط، وهي مجلس موازٍ تحت المظلة المصرية، وله أهداف روحية واجتماعية. وأضاف زاخر أن "مجلس كنائس مصر يلبي رغبة مسيحية لإزالة الاحتقان بين الكنائس وبعضها في طريق الوحدة وليس لها أهداف سياسية أو مواجهة مع تجمعات أخرى على الإطلاق، كما أن هناك بعض الأقاويل التي قد تقال عن الكنيسة، وهناك من يريد محاربتها، فتجمع الكنائس لتأسيس الوحدة في الأهداف، والرد على ما يقال من دون الخوض في سياسات أو منازعات". وأكد بابا الإسكندرية بطريرك الكرازة المرقسية، البابا تواضروس الثاني، أن مجلس الكنائس المصرية، الذي تم تدشينه، الإثنين الماضي، هو مجلس كنسي صرف، وعمله خدمي واجتماعي، ولا علاقة له بأي شكل من السياسة، مضيفًا في كلمة له عقب عظته الأسبوعية، التي ألقاها، مساء الأربعاء، في الكاتدرائية المرقسية في العباسية، "هذا المجلس عمله له 3 أبعاد أولها المحبة بيننا كأعضاء فيه، وثانيها خدمة شعوبنا، وثالثها مساندة أي عمل أو جهود تنموية واجتماعية تحمل الخير لمصر. يذكر أن فكرة إنشاء مجلس كنائس مصر تعود إلى عهد البابا شنودة الثالث، وتناقش فيه مع رؤساء الكنائس، وأعلن عنه في لقائه الأسبوعي في الكاتدرائية المرقسية، مساء الأربعاء، الموافق 15 شباط/ فبراير 2012م، قبيل وفاته بقليل.