جذبت مقبرة توت عنخ آمون المليئة بالقطع الذهبية أنظار الخبراء منذ اكتشافها عام 1992، وتشير بعض الآراء إلى أن مقبرة الملك لم تُبنى خصيصًا له، واقترح اثنان من كبار الخبراء أن مقبرة الملك بنيت لإمرأة وفقًا لتخطيط المقبرة وقناع الملك الذهبي الذي يحمل بعض الدلائل، فضلًا عن الرأي القائل بأن الملكة نفرتيتي مدفونة في القبر أو على الأقل لها صلة به, وكان توت عنخ آمون فرعونًا مصريًا من الأسرة الثامنة عشر التي حكمت في الفترة بين 1332 قبل الميلاد حتى 1323 قبل الميلاد، وتوفي فجأة في عمر 18 عامًا في ظروف غامضة، وذكر مدير جمعية استكشاف مصر كريس نونتون في فيديو لمجلة سميثسونيان أن أول شيء يتم ملاحظته عند دخول المقبرة, وتحديدًا عند النزول من خلال ممر تنازلي هو الحاجة إلى الاتجاه إلى اليمين, مشيرًا إلى أن ذلك يعد أمر غير مألوف تمامًا في مقابر الأسرة الثامنة عشر لأن مقابر الفراعنة من المتوقع الإتجاه فيها إلى اليسار وليس إلى اليمين".

ويعد الإتجاه إلى اليسار في المقابر رمزًا للرجولة في مصر القديمة ومن المهم جدًا في مدخل مقابر الفراعنة أن تتخذ منعطف نحو اليسار، في حين ضمت المقبرة الأخرى للأسرة الثامن عشر منعطف إلى اليمين وكانت مبنية للملكة حتشبثوت، وأفاد نونتون أن المقبرة وفقًا لتخطيطها ربما تكون مجهزة لامرأة، وأشارت الدكتورة ياسمين الشاذلي التي تعمل في المتحف المصري في القاهرة إلى أن القرائن لا تنتهي عند هذا الحد، وأشارت إلى الجرار الكانوبية المستخدمة لتخزين الأعضاء التي يتم إزالتها من المومياء وظهر على الجرار رسوم أنثوية والتي تبدو مختلفة عن قناع الموت للملك توت عنخ آمون، وربما كان القناع الأصلي مصمم لملكة وليس لفرعون، وأوضحت الشاذلي أن الوجه كان منفصل عن غطاء الرأس وتم دمجهم معا وأنهم كانوا قطعتين مختلفين، في حين أن أقنعة موت الفراعنة عادة ما تُصنع في قطعة واحدة.

وكشفت الشاذلي أن أذان القناع كانت مثقوبة ويعد ذلك أمرًا غير عاديًا بالنسبة لرجل، مضيفة " يعتقد أن الوجه نفسه لا يرتبط بغطاء الرأس وأن غطاء الرأس كان مصنوع لامرأة"، وتثير هذه القرائن التساؤلات عما إذا كان الملك الصبي دُفن في مقبرة أنثى، ولا تعتبر هذه المرة الأولى التي يناقش الخبراء فيها هذا الأمر، حيث ذكر عالم المصريات البريطاني نيكولاس ريفيز من جامعة أريزونا أن قبر الملك توت يبدو صغيرًا جدًا لفرعون، وربما تم استخدامه عند وفاته المفاجأة.

وكشف تحليل الحامض النووي للمومياء أن الملك توت عانى من الملاريا في حين بينت الأشعة المقطعية أنه من المحتمل أنه عانى من اضطراب عظام نادر يدعى كولر ما أدى إلى تشويه ساقه اليسرى مما دفعه لاستخدام عُكاز للمشي، إلَّا أن فرانك رولي من جامع زيوريخ أوضح أن هذه الأمراض غير قاتلة بالضرورة، ويُعتقد أن الملك الصبي توفى عندما كُسرت ساقه واخترقت الجلد ما أدى إلى نزيف حاد، وهناك نظريات تقول أنه توفى نتيجة عدم توازن الهرمونات بسبب زنا المحارم أو أنه قُتل.

ويُعد حجم مقبرة توت عنخ آمون في نفس حجم غرفة الانتظار بدلًا من كونها مقبرة ملك مصري، واشارت مجلةScientific American إلى أنه ربما لم يتم الانتهاء من المبنى بسبب طلاء حجرة الدفن، في حين كانت المقابر الملكية الأخرى مزينة بشكل أكثر اتقان، ويعتقد الدكتور ريفيز أن غالبية القطع الذهبية التي وجدت في غرف المقبرة الأربعة أعيد استخدامها من حكام سابقين، ويقول ريفيز إنه بدلًا من توسيع مقبرة صغيرة لتوت عنخ اقتطع البناة جزء من مقبرة أكبر له، وهو ما يؤدي إلى اكتشاف المزيد من المومياوات في هذا البناء الغامض بما في ذلك الملكة نفرتيتي، ويعتقد ريفيز أن مقبرة نفرتيتي تتواجد بالقرب من مقبرة توت عنخ آمون وربما يفسر ذلك وجود منعطف إلى اليمين في المدخل.

ويعتقد الباحثون بنسبة 90% أن مقبرة الملك توت عنخ آمون تحتوي على واحدة أو اثنين من الغرف الخفية، وفحص الخبراء المقبرة للعثور على مقبرة الملكة نفرتيتي الزوجة الأسطورية والدة توت عنخ آمون والتي لم يتم العثور على موميائها، وبين ريفيز أن الصور عالية الدقة للإشارات الخطية على الجدران تشير إلى غرفتين غير مكتشفتين، وأوضح ريفيز أن الصور عالية الدقة لمقبرة الملك توت عنخ آمون تكشف عن خصائص مثيرة للاهتمام تبدو غير طبيعية، حيث تضم خطوط بزاوية قائمة على الأرض وضعت بحيث تتوافق مع خصائص أخرى داخل المقبرة، ورصد ريفيز اثنين من المداخل التي أغلقها بناة المقبرة والتي يُعتقد أن تكون أحدها غُرفة تخزين.

ويري ريفيز أن الغرف خلف الجدران الشمالية والغربية للمقبرة تضم رفات الملكة نفرتيتي الزوجة الرئيسية للفرعون اخناتون وأم ستة من أبناءه، واشتهرت نفرتيتي بجمالها الرائع حتى لقبت بسيدة الأرضين لعدة قرون منذ وفائتها المفاجئة عام 1340 قبل الميلاد، ويظن ريفيز أن الجانب الشمالي من المقبرة يضم غرفة دفن الملكة نفرتيتي المالك الأصلي للمقبرة، وإذا صدق اعتقاد رفيز ستكون المقبرة المخبأة أروع من أي شئ وجد في حجرة دفن الملك توت عنخ آمون.

وأوضح رفيزي أنه يعتقد أن المقبرة كانت للملكة نفرتيتي وتم بناء غرفة للملك توت لاحقا، وزُينت المقبرة التي يعتقد أنها تنتمي للملكة نفرتيتي بمشاهد دينية ربما كطقوس لتوفير الحماية للغرفة، وكتب ريفيز " ملكة واحدة من الأسرة الثامنة عشر هي فقط التي تلقت هذه الحفاوة وهي الملكة نفرتيتي، وإذا تُرجم الظهور الرقمي إلى واقع مادي فربما ما نواجهه ليس فقط غرفة تخزين جديدة ولكن مقبرة الملكة نفرتيتي خليفة الفرعون اخناتون"، وإذا صدقت هذه المزاعم فربما تحل العديد من الألغاز حول مقبرة الملك توت، حيث تبدو الكنوز الموضوعة فيها على عجلة ومستعملة.

وكانت نفرتيتي التي يعني اسمها "الجميلة" قد جاءت ملكة مصر وزوجة الفرعون اخناتون خلال القرن الرابع عشر قبل الميلاد، وأسست هي وزوجها عبادة آتون إله الشمس وروجت الأعمال الفنية في مصر والتي كانت مختلفة عن سابقاتها، وتشير الكتب إلى أنها  كانت الفرعون بعد وفاة إخناتون، وعلى الرغم من مكانتها المرموقة لا تزال وفاتها تشكل لغزًا.

وذكر بعض الخبراء أنه في حالة العثور على مومياء فربما تنتمي للفرعون سمنخ كا رع أو الملكة مريتيشن الشقيقة الكاملة أو نصف الشقيقة للملك توت، ومن الممكن عدم العثور على أي شئ على الإطلاق، حيث شكك بعض الخبراء في احتمالية وجود غرفتين، زاعمين أن مظاهر الطبيعة  التي تحتوي على فراغ تجعل من الصعب على الرادار فصل المعالم الأثرية عن الطبيعية، وطالبوا بإطلاق المزيد من البيانات من المسوح الأخيرة، وأفاد لورانس كونيرز، أستاذ الأنثروبولوجيا في جامعة دنفر " لا يبدو أنه تمت معالجة بيانات الرادار ولا يبدو أن هذه الفروقات واضحة في البيانات التي يتم توفيرها".