إنتقد الفيلسوف والمفكر التونسي يوسف الصديق بشدة تعامل الدولة التونسية مع المملكة العربية السعودية. وإعتبر الصديق قرار إقالة ​​وزير الشؤون الدينية ​​عبد الجليل بن سالم قرارا ظالما، خاصة وأنه بيّن معاداته للفكر الوهابي وليس للمملكة العربية السعودية. وثمّن ما وصفه بجرأة عبد الجليل بن سالم في طرح موضوع الوهابية، قائلا في هذا السياق "أُحيي الابن الضال على جرأته". وأضاف أن يوسف الشاهد ارتكب مظلمة في حق عبد الجليل بن سالم وأنه كان عليه أن يقول إنه لا يتدخل في المسائل الفكرية وإن ما قاله وزير الشؤون الدينية عن الوهابية يخصه كمفكر.

وقال الفيلسوف يوسف الصديق في حواره مع " المغرب اليوم "  إنه سعى  إلى إجراء مناظرة مع الشيخ القرضاوي منذ ثماني  سنوات.وقد  أراد التحدث  معه بكل ما يتعلق بموقع عالم الدين  الآن وموقع  الإسلام. وأراد أن يعبر له عن  أن عالم الدين  الآن لم يعد ذلك الذي نعرفه.وقال إنه أراد  مناظرته في نص  القرآن ذاته.ففي إعتقاده أنه عندما يريد  الإنسان أن يتعرف على نص معين  فالأولى  أن يعرف المواقع التي يذكرها القرآن ويعرف المعارك ويعرف كل ما يشير اليه كتاب الدين. لأن كتاب  الدين كالتوراة  والقرآن  والإنجيل ليس من مهمته أن يلقي بعرض كالعرض المدرسي عن هذه الحقبة التاريخية أو عن هذا الشخص أوغيرها من  الأمور وإنما عليك أنت أن تعرف ماهو المغزى الذي أراده المولى عندما حدثنا وأشار الى هذا الملك  أو المعركة  أو غيرها.

ولا يكتمل العلم حسب  رأي يوسف الصديق  إلا إذا إنتفعنا بالحفريات والألسنيات والعلوم الإنسانية التي يجهلها القرضاوي ومن شابهه على حد تعبيره.
 وأضاف أن ​​القرضاوي رجل عبادة وليس رجل علم.فهو جاهل بالعلوم  الإنسانية.وربما لهذا لم يجبه على المناظرة وإدعى أن لا وقت لديه وأن المناظرة غير ممكنة.

وعن المناظرة التي جمعته بالداعية بشير بن حسين،قال  إن هذا الرجل أيضا لا يمكن تصنيفه ضمن قائمة العلماء،فهم يفسرون النص  القرآني والحديث الشريف وفق  أهداف لا تخدم الدين بقدر ما تخدم مصالح سياسية ضيقة.

وشدد على أنه يجب  أن نتحاور مع الجميع ،وعوض  أن نتجاهل من هم  أقل منا مستوى علينا أن نقنعهم بالحجة والبرهان ونتحاور  معهم.

وقال   إنه سبق وأن طالب بإلغاء وزارة الشؤون الدينية التونسية  لأنه يعتقد أنها تعمل لدين على حساب آخر،ويرى  أنه يكفي  إرسال  لجنة مستقلة تابعة  لإحدى الوزارات تهتم بتسيير دور العبادة فقط.

وعن علاقته برئيس حركة النهضة راشد الغنوشي قال يوسف الصديق إنه سبق أن قابله وتحدث معه بإعتباره كان زميله في التدريس وقد درسا معا في معهد المنصورة بالقيروان..واضاف  أنه تحدث معه عن ظاهرة السلفية. وأنه أخبر الغنوشي  أن السلفيين يغفلون عن أمر هام هو أن الإقتداء بالسلف الصالح أخلاقيا أمر صالح ولكنه غير صالح لبحث شؤون حياتنا بعد 14 قرنا .
 أما عن علاقته بالمنصف المرزوقي،فقال إنه هو أيضا زميل دراسة في الصادقية طيلة المرحلة الثانوية.وقد تحدثت إليه عن  أيام الدراسة ولكنه لم يخض معه في السياسة أبدا..

وعن إتهامه الدائم بأنه معاد للدين  الإسلامي،قال  إنه غير مهتم  للأمر  إلا إذا كان صادرا عن إنسان عالم،  أما ما يتداول  عند البعض في الشارع فلا يأبه له..في المقابل أكد أن من يستوقفه يوميا من شباب وعجائز وملتحين وغير ملتحين ، محجبات وغير محجبات وحتى منقبات يقولون له بالحرف الواحد  "بفضلك أنت اصبحنا نعرف كلام الله " وشدد على  أنه بمثل هذه المواقف يدرك أنه نجح في ما هدف إليه وهو إبلاغ القرآن قراءة لا تلاوة .